Estoński Kościół Prawosławny (EKP), często określany jako „prorosyjski”, zerwał więź z Patriarchatem Moskiewskim. Decyzja ta została już uznana za historyczną, choć proces całkowitego odcięcia od Moskwy wciąż trwa. EKP dąży do zerwania łączności z Patriarchatem Moskiewskim zarówno na płaszczyźnie prawnej, jak i kanonicznej.
20 sierpnia 2024 roku w Tallinie odbył się Drugi Sobór EKP, na którym zatwierdzono statut, w którym określono m.in. niezależność Kościoła w sprawach nauczania. Usunięcie wszelkich odniesień do Patriarchatu Moskiewskiego było możliwe dzięki powołaniu się na tomos patriarchy moskiewskiego Aleksego II z 1993 roku, który przyznał EKP autonomię (dla porównania pełna niezależność w prawosławiu to autokefalia). Jest to kolejny krok w kierunku eliminacji wpływów moskiewskich w Estonii oraz próba rozwiązania konfliktu między estońskim rządem a EKP.
Od początku wojny na Ukrainie Rosyjski Kościół Prawosławny wspiera rosyjską agresję, a podobne stanowisko prezentowali zwierzchnicy Cerkwii będących pod kontrolą Patriarchatu Moskiewskiego, w tym były metropolita EKP, Eugeniusz (Reszetnikow). Został on wydalony z Estonii z powodu publicznego poparcia inwazji na Ukrainę. Obecnie zwierzchnikiem EKP jest bp Daniel (Lepisk), były biskup Tartu.
W celu dalszego ograniczania rosyjskich wpływów, EKP planuje rozmowy z Estońską Apostolską Cerkwią Prawosławną (EAKP), która podlega Patriarchatowi Konstantynopola. Oba Kościoły wyraziły gotowość do negocjacji na temat ewentualnego zjednoczenia. Jeśli dojdzie do połączenia, oznaczać to będzie całkowite usunięcie wpływów moskiewskich nad prawosławiem w Estonii i podporządkowanie EKP jurysdykcji patriarchy Konstantynopola, Bartłomieja I.
Przejście z Patriarchatu Moskiewskiego do Konstantynopolitańskiego lub uzyskanie autokefalii nie jest zjawiskiem nowym. Podobna sytuacja miała miejsce na Litwie, gdzie część duchowieństwa i wiernych sprzeciwiła się działaniom władz cerkwi podporządkowanej Moskwie, przechodząc pod jurysdykcję Patriarchatu Konstantynopola. Warto jednak pamiętać, że wpływy Konstantynopola i Moskwy wzajemnie się wykluczają. Moskwa nie uznaje decyzji Patriarchatu Konstantynopola, co znalazło wyraz m.in. w 2018 roku, gdy Rosyjski Kościół Prawosławny odmówił uznania kanoniczności Kościoła Prawosławnego Ukrainy, który uzyskał autokefalię od Konstantynopola. Stało się to po tym, jak Moskwa zerwała łączność z Konstantynopolem.
Przyszłość Estońskiego Kościoła Prawosławnego pozostaje więc niepewna.